尽管第一批项目开始真正取得进展，但欧盟清洁航空机构正在为欧盟资助的第二阶段做准备，该阶段将于2025年2月开始。
这一阶段将从第三次提案征集开始，欧盟将拨款3.8亿欧元（4亿美元）用于推进研究和创新工作。第三轮招标将于2月进行，其中2.05亿欧元用于超高效中短程（SMR）飞机架构；1.45亿欧元用于超高效支线飞机架构；1500万欧元用于飞机概念集成和影响评估。
另外1500万欧元将用于清洁航空所谓的“快速通道区域”，这些区域“旨在降低替代或互补技术解决方案的风险，从而加快实施过程”。
可缩放的UltraFan架构是一个清洁航空项目的重点
此前，“清洁航空”在两个第一阶段为28个项目提供了8.1亿欧元的资金，而这一次，“清洁航空”在研究和创新方面的投资高达9.1亿欧元。
这个数字将远远超过工业的匹配，第二阶段的总预算将达到23亿欧元左右。
此外，第三次征求建议书将采用前一阶段的产出，到那时应该达到技术准备水平（TRL） 4，并继续发展，最迟在2030年项目结束时将新的推进概念或飞机架构带入TRL6。这应该允许它们在下一代商用飞机上使用，并于2035年投入使用。
清洁航空部门、项目发展和沟通部门负责人Sebastien Dubois说，虽然该项目的最终目标没有改变——确保航空业能够达到2050年欧盟绿色协议的气候中和目标——但实现这一目标的途径已经发生了微妙的调整。
清洁航空最近在其战略研究与创新议程（SRIA）文件中列出了修订后的计划，反映了欧盟的资金现状和技术成熟度水平，Dubois称其为“准备第二阶段内容的基础”。
尽管重点仍然放在三个不同的工作流程上——区域、小型反应堆和氢动力飞机（HPA）——以及实现至少30%的排放改进的目标，但与之前的SRIA迭代相比，已经发生了一些变化。
最值得注意的是取消了对SMR飞机（本质上是典型的窄体飞机）氢推进的研究，清洁航空公司认为，该技术到2035年还无法投入使用。
如果一方面远离氢动力，另一方面又拥抱氢动力，这似乎是一个矛盾，那么要记住的关键是每个平台的预期性能属性：清洁航空认为HPA是一个新的类别，能够在高达1000海里（1850公里）的航线上搭载100名乘客，而SMR飞机的相应数字是200-250名乘客和3000海里。
因此，虽然h2动力飞机可以使用氢燃料电池或直接燃烧，但SMR概念的尺寸和范围驱使它向后一种动力来源发展，“这需要更多的时间来成熟”，杜布瓦说，他认为2045年是一个更现实的服役时间框架。
他补充说：“这是一个风险缓解方法的问题……对于SMR，我们需要一个比燃料电池高得多的功率密度。”
此外，在第二阶段，清洁航空将不会资助任何与SMR应用的机翼相关的项目，尽管在第一阶段有这样的研究。相反，这些活动将在国家层面上进行，比如由英国航空航天技术研究所支持的空客牵头的“明日之翼”项目。
杜布瓦说，清洁航空“没有足够的资金来覆盖所有的活动”，他指出，要把第一阶段的所有技术都带到TRL6阶段，需要大约120亿欧元的预算。
类似的警告也适用于支线飞机，其中一个多兆瓦的动力系统将进行飞行测试，但一个新的超高效机翼将留在地面上，只用于地面演示。杜布瓦说，没有足够的资金来进行这两项飞行测试。
虽然第二阶段将进行混合动力系统的飞行测试，但新的支线飞机机翼仍将是地面演示
这就是问题的关键所在：要为其宏大的工作计划的其余部分提供资金，就必须分清轻重缓急。
在第二阶段，单个技术将从实验室转移到集成到飞机级系统中，并在许多情况下最终进行飞行测试。
例如，虽然氢不再是方程式的一部分，但SMR“支柱”的重点仍然是“破坏性推进概念”，其中三种不同的发动机架构将进行飞行测试，以追求在飞机水平上提高20%的燃油消耗。
这三个概念——已经进入第一阶段的工作——是劳斯莱斯公司的UltraFan架构（HEAVEN项目）的缩小版，由MTU航空发动机公司及其合作伙伴（SWITCH）开发的水增强混合动力涡轮风扇，以及CFM国际公司的RISE开式转子概念（OFELIA）。
这三个项目还建立在现有的行业主导的研究活动的基础上——确保清洁航空的欧盟资金得到更多的回报——例如，CFM此前已与空客达成一项计划，在A380飞行试验台上测试RISE发动机。
对于支线飞机，演示将把不同的第一阶段技术——能源产生、储存、分配和马达——结合成一个集成的多兆瓦混合动力系统。
杜布瓦补充说：“我们需要为飞行测试演示进行所有必要的修改。”测试将使用一架经过改装的区域涡轮螺旋桨飞机（很可能是ATR）进行，两台热发动机中的一台将被混合动力系统取代。
对于氢动力飞机，清洁航空的第一阶段已经资助了三个独立的1mw级燃料电池动力系统的研究。Dubois说：“我们正在评估它们的可扩展性，最高可达2.5-3MW，用于未来的1000纳米、100座飞机类型。”
然而，由于清洁航空“决定真正把重点放在燃料电池上，作为第二阶段飞行测试演示的主要目标”，他说“不会进行氢气燃烧的飞行测试”。
第一阶段的两个项目正在研究氢燃烧技术：由劳斯莱斯领导的CAVENDISH和由GE Avio领导的HYDEA。
杜波依斯说，氢燃料发动机的关键不在于燃烧元素的能力，而在于掌握上游的必要技术：“我们将付出巨大努力，进一步完善端到端燃料分配系统，这可能是实现这一概念的关键组成部分之一。”
但有两种飞机概念将作为这一流程的一部分进行研究：一种是燃料电池驱动的，另一种是配备双燃料发动机的——能够燃烧Jet-A-1或氢气——这是卡文迪什项目的研究领域之一。
明年2月的第三次提案征集将在2026年和2027年分别进行。第一阶段和第二阶段之间的一个显著变化是，在英国脱欧后的协议下，英国作为清洁航空的联邦国存在——增加了9600万欧元的预算，而加拿大的企业和研究机构也将能够在7月份达成的协议的支持下参与其中。
